Hola!
para hacer animacion en GIMP, desde la version 2.0.5 en adelante, cuentas con dos opciones de animacion, el uso de capas para animar fotogramas con salida .gif animado, y la opcion de aplicar efectos de composicion a una secuencia de imagenes rendereadas de un software 3D e importadas a GIMP, un video dividido en fotogramas e importado a GIMP, o bien una secuencia de imagenes creadas directamente en GIMP.
Para animar en GIMP, vas dibujando cuadro por cuadro, tu primer cuadro corresponde a tu capa 1, para agregar el siguiente cuadro de tu aimacion, agregas una capa, haciendo un click en el boton + en la ventana capas.
Cada capa corresponde a un fotograma de tu animacion, una vez que tienes todas tus capas , seleccionas el menu filtros>animacion>reproducir fotogramas.
una vez que estas conforme con tu animacion la guardas como gif animado.
Para animar fotogramas y exportar a video, utilizas las herramientas del menu video, este te permite crear un video en encoding MPEG1 y MPEG2
Para que este menu se agregue a GIMP, debes instalar tambien el gimp-gap (GIMP animation package), este viene preinstalado en la mayoria de las distribuciones Linux, para windows lo bajas como paquete adicional, lo encuentras en:
http://gimp-win.sourceforge.net/stable.html
y si quieres mas opciones de animacion y composicion digital, te recomiendo que uses CINEPAINT, tambien conocido como FILM-GIMP, este lo encuentras en:
http://cinepaint.sourceforge.net/
Suerte!