Vale....
Lo primero que hay que hacer, es que el modelo o sea los vértices del modelo están bien.
Tienes un fallo en la unión central del modelo, o sea, tienes la malla cortada. Eso hay que arreglarlo antes que nada.
Al estar separados se crean dos mallas difíciles de controlar, yo creo que si arreglas eso primero y luego haces el emparentamiento Ctrl+P te tendría que quedar mejor.
A parte que a la hora de hacer el render se vería mucho mas el fallo del corte.
De todas formas, para arreglar ese fallo u otros parecidos sobre la asignación de vértices, se utiliza la pintura de vértices (Weigth Paint) que sería mas o menos lo mismo, que ir añadiendo los vértices que quieres a un hueso en concreto, pero se hace de forma que con solo "pintar" por encima de los vértices que quieres, se añaden directamente al hueso seleccionado.
Se puede también cambiar la fuerza con que arrastraran a ese vértice, donde 1.000 es lo correcto y menos de eso, lo arrastra un poco mas suave.
Subo un vídeo en unos minutos (creo que va a tardar mas de una hora
)
https://youtu.be/6DOn02YxH4Y
Y subo el .blend un poco retocado, aunque creo que no está perfecto y además no me había dado cuenta del problema de los vértices mal unidos en el centro.
(Si te fijas verás que tu modelo tiene como un línea cortada en la mitad del modelo).
http://pasteall.org/blend/index.php?id=47444
Pero esa sería una de las formas de arreglar el modelo.
Hay otras como seleccionar el cuerpo, entras en Edit Mode, vas a Vertex Group y miras el hueso de la pierna Muslo.L y si presionas SELECTED, verás los vértices asignados.
Veremos que le faltan todos esos vértices por asignar, entonces lo que se hace es, seleccionar los vértices que faltan y presionar sobre ASSIGN (asignar) y eso te incluirá los vértices en ese hueso.
A veces es mas fácil esta forma y otras es mejor la de pintura. (Va a gustos).