G-Blender

mi duda es que trabajando con algunos modelos donde trabajo mucho con los contrastes de luz, ¿como hacer por ejemplo en una nave espacial que las luces de la nave se vean en la oscuridad y no en la luz? o cuando tengo edificios en la ciudad con un atardecer los que están a oscuras se vean sus luces y los que están en la luz no, cosas así, hace un tiempo vi algo similar con el manejo de algunas capas, pero no entendí como.

No sé si te entendi... pero podrías utilizar el Compositor, y crear un material por separado para cada fuente de luz, para simularlas.

http://youtu.be/06A_l95vJWw

es muy buen tutorial algo así estaba buscando, pero hay un problema y es que el composite afecta a toda la escena y no funcione en el game engine, ya hace tiempo había visto que se podía conseguir al combinar ciertas texturas pero perdí ese tutorial y ya no supe como hacerlo, pongo un ejemplo de lo que quiero hacer, como pueden notar en la nave de la imagen en las partes oscuras se ven luces, cuando una luz mas intensa ilumina esas zonas ya no se ven y donde se oscurece si.

Puedes generar distintas capas de render para trabajar los elementos por separado, y no afectar a todo el plano.
Ahora claro... si se supone que esto debe ser a tiempo real, deberías trabajar con los materiales, para tener texturas que simulen dicho efecto (por ejemplo generando puntos fuertes en una textura mapeada a la UV que tenga influencia en la emisión)
O la otra opción sería, iluminar bien.. cosa que es bien difícil ^^, y si estas haciendo un juego, el desafió esta en iluminar sin sobre-exigir recursos, lo ideal sería hacer hartos bake\'s... lo que de nuevo nos lleva al uso de texturas.

y si lo quisiera para una animación, que método usar?

Yo optaría por el compositor, y simular las luces, para ahorrar cierto tiempo de render.
Incluso podrías llegar a mezclar con algunas luces reales puestas entremedio.

¿el composite no me afectaría a otros modelos de la escena con los efectos de la nave?.