G-Blender

tengo un video en donde la mitad de la pantalla es transparente, como puedo renderizarlo para que la parte blanca quede transparente?

yo suelo usar render en PNG para fondos transparentes

Vídeo con el fondo transparente.. ?
He visto muy pocos y además con los visores de vídeos normales, no se aprecia el fondo transparente.
Aunque si se puede claro.
...
Para la pregunta que haces de que si se puede sacar una imagen de ese vídeo con el fondo en ALPHA (transparencia) si se puede y creo que la mejor forma es utilizar el COMPOSITOR DE NODOS y ponerlo en lo que se conoce como un Chroma KEY
Esto se suele hacer cuando el fondo es uniforme o sea, todo del mismo color.

Si no fuera ese el caso, la cosa se complica un poco mas pero también se puede. En esos casos se utiliza una Máscara o sea, como si recortaras una cartulina por encima de lo que quieres que se vea, y el resto se puede poner el alpha.

Si es una vídeo animado o sea, que va cambiando el personaje de posición, también se puede, pero un poco mas complicado todavía, pues hay que animar la máscara.

Un ejemplo simple de Chroma key con un color de fondo igual, sería esta imagen.

.............
La segunda parte sería ¿como? guardar ese imagen.
Los formatos que guardan las transparencias (canal alpha) son PNG y TGA
O sea, cuando mandas guardar, le indicas que quieres PNG (por ejemplo) y mira que esté la casilla RGBA activada.