Esta bastante mal modelado y tiene las caras internas que te comenté antes.
Hay zonas donde tienes vértices sueltos , caras no unidas, etc.
Luego tienes mal planteado lo de unir el suelo la casa y las vallas en una misma malla, pues eso complica muchísimo el modelado.
Te he cambido todo a tres objetos, donde el suelo lo puedes tener con un simple plano, la casa es una malla diferente y la valla otra.
En el caso de que tuvieras que unirlo, para por ejemplo exportar un OBJ, solo hay que seleccionar los tres objetos (casa, suelo, valla y con CTRL+J se unen.
Los objetos cuando se modelan, deben de quedar completamente HUECOS en su inerior y no puedes quedar vértices sueltos.
Otra cosa que sucede, es el tipo de modelo, y para qué lo vas a utilizar.
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Por poner un ejemplo simple. Si a un cubo le pones el suavizado de SMOOTH el cubo te quedará con esa sombra negra, por que estarán las caras tensionadas por el suavizado.
Si quieres que el cubo sea perfecto en sus cantos, le deberás poner un modificador de tipo EDGE SPLIT.
Eso hará que con el suavizado no se vean esas sombras y en su lugar verá unos cantos perfectos.
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Si lo que buscas es REDONDEAR los cantos, entonces hay que modelar con muchos más vértices o haciendo un BEVEL de todos esos cantos; para luego poder poner un modificador de tipo Subdivision Surface
Esto es lo que te he arreglado (dentro de lo que cabe). Espero que sea eso lo que buscas.
http://www.pasteall.org/blend/35639