G-Blender

Muy buenas, despues de bakear una textura y tenerla perfecta con sus sombras capturadas, al abrir de nuevo el archivo me aparecen en negro, sabeis a que puede ser debido?

A que debes de haber movido la posición de la textura o has cambiado el blend de carpeta, perdiendo la ruta de esa textura... supongo que será eso.

He probado ha hacerlo con otro archivo, lo guardo y al abrirlo otra vez en negro, le he dado a empacar textura por si acaso pero sigue igual y no he tocado la carpeta donde esta la textura ni nada nose

¿Si guardaste la textura después de hacer el bake? Una vez me pasó que olvidé guardala y tuve que volver a hacer todo el bake. Si guardaste la textura intenta volverla a cargar y guarda tu archivo, debería quedarse esta vez.

Cuando se pierde la referencia a la textura el modelo se ve rosa, no negro

Cuando dices en negro.. te refieres a que sale toda la pantalla en negro.. ?
Si es eso, cierra esa ventana que debe ser la de render, y pasa a la de vista 3D